WEBアクセス制限（コントロールパネル）で設定したパスワード認証をFTPから変更することはできますか？

WEBアクセス制限の設定ファイルは、FTPで参照できない領域に保存されるため、設定内容の変更や削除は、コントロールパネル上でしか行えません。