ドメイン毎のフィルターと、メールアカウント毎のフィルターのどちらが優先されますか。

フィルターの処理は、ドメイン毎に設定されたフィルター(共通メールフィルター設定) → メールアカウント毎に設定されたフィルター(メールアカウント詳細設定-メールフィルター) の順序で適用します。
適用順序の変更はできません。