プログラムファイルの設置場所に指定はありますか。

指定はございませんが、該当プログラムを利用するWEBサイトのドキュメントルート以下に、ファイルを設置してください。
ドキュメントルートは、《Zenlogicサポートページ - ドキュメントルートの設定》を参考に[カスタマーポータル]からご確認ください。